Da tiden med hedenskab gik forbi, da kristendommen ophørte med at blive forfulgt og blev anerkendt som en verdensreligion, ser det ud til, at alle uoverensstemmelser burde løses. Men nogle gange var det kun økumeniske råd, der kunne løse nye konflikter, tilbagevise kætterske læresætninger - der var ingen fred selv inden for kirken.
Det første Økumeniske Råd var Koncilet i Nikæa, indkaldt i 325. Årsagen til dette var den alexandrinske præsbyter Arius' udbredte lære. Dens essens var at benægte identiteten mellem Gud Faderen og Gud Sønnen. Han argumenterede for, at Jesus Kristus blev skabt af Herren, men ikke er hans inkarnation. En sådan idé modbeviste grundlæggende alle kristendommens dogmer, og derfor blev Arius' lære i første omgang afvist af Lokalrådet. Men den stolte præsbyter nægtede at anerkende Rådets beslutning som legitim og fortsatte med at vinde de troende.
Derefter inviterede kejser Konstantin biskopper fra hele verden til det økumeniske råd i den lille by Nicaea (nu kaldet Iznik og ligger på det moderne Tyrkiets territorium). Nogle af de tilstedeværende repræsentanter for kirken bar spor af tortur på deres kroppe,modtaget i den sande kristendoms navn. Biskoper, der støtter Arius, var også til stede.
Debatten varede mere end to måneder. I løbet af denne tid var der mange diskussioner, taler af filosoffer, præciseringer af teologiske formuleringer. Som legenden fortæller, satte manifestationen af et guddommeligt mirakel en stopper for skænderier. Som en enhed af tre principper gav han et eksempel på et lerskår: vand, ild, ler giver en enkelt helhed. Ligeledes er den hellige treenighed i det væsentlige én Gud. Efter hans tale dukkede ild op fra skåren, vand kom frem og ler dannedes. Efter et sådant mirakel afviste det nikenske koncil endelig Arius' falske lære, udelukkede ham fra kirken, godkendte trosbekendelsen og etablerede 20 regler for kirkens disciplin, bestemte datoen for fejringen af påsken.
Men dette kirkeråd har ikke sat en stopper for dette spørgsmål. Striden fortsatte i meget lang tid. Selv nu høres deres ekko stadig - arianismen dannede grundlaget for Jehovas Vidners lære.
Foruden koncilet i 325 var der også det andet koncil i Nicaea, indkaldt af kejserinde Irene af Konstantinopel i 787. Dens formål var at afskaffe den ikonoklasme, der eksisterede på det tidspunkt. Faktisk gjorde kejserinden to forsøg på at indkalde et økumenisk råd. Men i 786 bragede vagterne, der støttede ikonoklasterne, ind i De Hellige Apostles Tempel i Konstantinopel, hvor Rådet begyndte arbejdet. De hellige fædre måtte spredes.
Efter at have tyet til betydelige tricks, opløst den gamle garde, rekrutteret nye tropper, indkaldte Irina alligevel katedralen i787, men flyttede det fra Konstantinopel til Nikæa. Hans arbejde varede en måned, efter dets resultater blev ærbødigheden for ikoner genoprettet, de blev tilladt i kirker.
Men selv dette råd i Nikæa formåede ikke fuldt ud at nå sit mål. Ikonoklasme fortsatte med at eksistere. Ikonoklastbevægelsen blev endelig besejret først i 843 ved koncilet i Konstantinopel.
